Tên gọi của ba Công ty Trắc địa Bản đồ số 1, 2 và số 3 qua các thời kỳ:

      -  Liên đoàn Trắc địa Địa hình I, II, III (Quyết định số 377a, 378a, 379a/QĐ ngày 01/8/1987 của Cục Đo đạc và Bản đồ Nhà nước);

      -  Xí nghiệp Liên hiệp Trắc địa Bản đồ số 1, 2, 3 (Quyết định 145/QĐ ngày 11/9/1992 của Cục Đo đạc và Bản đồ Nhà nước);

      -  Công ty Trắc địa Bản đồ số 1, 2 và 3 (Quyết định số 368/QĐ/TCCB ngày 31/8/1996 của Tổng cục Địa chính).

      Các đơn vị này đã có quá trình phát triển 20 - 30 năm với nhiều truyền thống và thành tích đáng tự hào, có nhiều đóng góp trong công cuộc xây dựng và bảo vệ Tổ quốc.

      Ngày 5 tháng 8 năm 2002, Quốc hội nước Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam khoá XI, kỳ họp thứ nhất thông qua Nghị quyết số 02/2002/QH11 quy định danh sách các bộ và cơ quan ngang bộ của Chính phủ, trong đó có Bộ Tài nguyên và Môi trường. Bộ Tài nguyên và Môi trường được thành lập trên cơ sở hợp nhất các đơn vị Tổng cục Địa chính, Tổng cục Khí tượng Thuỷ văn, Cục Môi trường (Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường), Cục Địa chất và Khoáng sản Việt Nam và Viện Địa chất và Khoáng sản (Bộ Công nghiệp) và bộ phận quản lý tài nguyên nước thuộc Cục quản lý nước và công trình thuỷ lợi (Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn). 

      Căn cứ Chỉ thị số 01/2002/CT-BTNMT ngày 22/11/2002 của Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường về một số nhiệm vụ trước mắt để thực hiện Nghị định số 91/2002/NĐ-CP ngày 11/11/2002 của Chính phủ: Công ty Đo đạc Địa chính và Công trình trực thuộc Bộ Tài nguyên và Môi trường.

      Ngày 27/11/2009 Bộ trưởng Tài nguyên và Môi trường đã ký quyết định số 2268/QĐ-BTNMT về việc thành lập Tổng công ty Tài nguyên và Môi trường Việt nam hoạt động theo hình thức công ty mẹ - công ty con

      Công ty Tài nguyên và Môi trường miền Nam – công ty thành viên của Tổng Công ty Tài nguyên và Môi trường Việt Nam, được thành lập theo Quyết định số 386/QĐ-BTNMT ngày 27 tháng 02 năm 2010 của Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường trên cơ sở chuyển nguyên trạng 12/16 đơn vị thuộc Công ty Đo đạc Địa chính và Công trình và Xí nghiệp Đo vẽ Ảnh miền Nam thuộc Công ty Đo đạc Ảnh địa hình trước đây

    Ngày 11 tháng 11 năm 2014, thực hiện chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ về tái cơ cấu các doanh nghiệp, Bộ Tài nguyên và Môi trường đã ban hành Quyết định số 2526/QĐ –BTNMT phê duyệt Đề án tái cơ cấu Công ty TNHH Một thành viên Tài nguyên và môi trường miền Nam giai đoạn 2014 – 2015, định hướng đến năm 2020. Theo đó, Công ty TNHH MTV Tài nguyên và Môi trường miền Nam là doanh nghiệp nhà nước độc lập trực thuộc Bộ Tài nguyên và Môi trường.